Il 25 novembre del 1220 Federico II lasciò Roma per Sutri e Narni e proseguì per Tivoli.
Un diploma firmato dall’imperatore emesso “ in castris propre Narnien december 1220 “ è conservato nell’Archivio comunale di Vercelli.
A Narni ricevette il così detto foderum, un tributo molto oneroso, misero e ultimo residuo dei diritti imperiali.
Nel dicembre del 1223 Federico II con il suo esercito transitò di nuovo per Narni accampandosi nelle pianure del Nera.
Nel 1226 l’imperatore si reca nei territori del Ducato di Spoleto e cerca la collaborazione delle città dell’Umbria a cui scrive lettere talvolta minacciose chiedendo aiuto, apporto di uomini e denaro.
I Narnesi protestarono contro queste richieste e si rivolsero al Papa
che invitò Federico II a non insistere.
Questo comunque non costituì un’adesione al Papa dei Narnesi e
anche perché non esiste alcuna documentazione al riguardo.
Giovanni di Brienne, suocero di Federico II che ne aveva sposato la figlia Iolanda, fu incaricato dal Pontefice Onorio III di amministrare per il suo mantenimento il patrimonio da Roma a Radicofani e tra le città da governare c’erano Narni, San Gemini e Stroncone fatta eccezione dei proventi assegnati a Pietro Capocci “ consanguineo e Ostiaro Nostro “ cioè narnese.
Nel 1228 Rainaldo di Acquaviva, vicario di Federico II che nell’estate si era imbarcato di nuovo a Brindisi per la Crociata, iniziò a provocare Gregorio IX occupando con i suoi capitani Spoleto e Foligno e saccheggiando i territori di Narni, San Gemini e Todi. Il Papa chiese aiuto alle città lombarde e organizzò un esercito con esuli perugini guelfi con cui riprese città come Foligno e Todi mentre Perugia, Orvieto, città toscane e Narni si unirono contro gli imperiali.
Le cronache manoscritte di Narni nel 1228, anno della canonizzazione di San Francesco, sono piene dei miracoli fatti per intercessione del Santo.
Nel 1236 Federico II tentò di riunire tutta l’Italia sotto il suo potere. Il Papa si collocò accanto ai comuni alleandosi con la Lega Lombarda e quella della città Tusche e Umbre.
Ma nella primavera del 1240 molte città Umbre, della Sabina e della Tuscia si schierarono con l’imperatore e gli aprirono le porte
Siamo nel 1241 e Bertoldo di Urselingen nominato vicario della del Sacro Romano Impero e Duca di Spoleto da Federico II continuava a minacciare le fazioni guelfe narnesi e delle altre città confederate e l’imperatore stesso in prima persona attaccò la città di Narni assediandola. L’assedio fu respinto ma Federico II ne devastò il territorio.
La stessa città di Terni si arrese ai devastatori imperiali e in dispregio alla prepotente città di Narni si schierò dalla loro parte.
Terni infatti per la sua vocazione ghibellina aveva aderito a Federico II e si era alleata con le città di Todi, Amelia e Foligno, mentre Narni si era alleata con Roma, Spoleto e Perugia confluite nella lega guelfa che appoggiava i comuni lombardi schierati contro l’imperatore.
Nel mese di luglio Federico II si recò a Roma passando per Rieti e durante il percorso il suo esercito rade al suolo Castelchiaro, distrugge Castel dell’Isola, dà il guasto a Perticara, Rocca Carlea, Collescipoli castelli che appartenevano alla giurisdizione della città di Narni e costringe i loro abitanti a ritirarsi entro le sue mura.
In un documento del 15 dicembre 1245, del notaro Andrea di Giovanni Agrario, vengono ricordati questi avvenimenti e si parla anche della distruzione di Castel dell’Isola sul Nera.
Una parte di abitanti si rifugiò a Narni e un’altra parte a Collescipoli mentre ben 24 famiglie vennero deportate a Terni.
Federico II nel frattempo aveva raggiunto Grottaferrata dove gli giunse la notizia della morte del Papa Gregorio IX avvenuta il 21 agosto del 1241.
Per dimostrare che l’imperatore non ce l’aveva con la Chiesa ma solo con il Pontefice Federico II cessò la guerra e le ostilità verso Roma ripiegando nel centro Italia.
Nel giugno del 1244 Federico II è di stanza nella città di Terni, dove attende fiducioso l’arrivo, nella vicina città di Narni, di Papa Innocenzo IV, dei Conti di Fieschi di Genova. Ma il Pontefice timoroso di cadere in un tranello si ferma a Civita Castellana, da cui, protetto dai Templari, raggiungeva Civita Vecchia, per portarsi a Genova e da qui fuggire in Francia a Lione.
Nel 1242 Federico II tentò nuovamente un attacco alla città di Narni schierandogli contro il Duca di Spoleto Rinaldo e il capitano Andrea Cicala.
Nel 1249 i ternani continuarono a schierarsi con l’imperatore e, al comando del Capitano Simoni, conquistarono la Rocca Carlea, imprigionando il presidio e rovinandone le mura.
Il presidio della Rocca era costituito da militi Narnesi che per essere liberati dovettero aspettare tredici mesi.
La guelfa Narni dovette comunque attendere il 17 dicembre del 1250, giorno della morte di Federico II, per esultare assieme ai nemici di un impero che già presentava l’inizio della sua decadenza. ( Edoardo Martinori -Marcello Giovannetti – Enio Navonni )
Ma nella primavera del 1240 molte città umbre, della Sabina e della Tuscia si schierarono con l’imperatore e gli aprirono le porte.
Le truppe imperiali ripresero a scorrazzare indisturbate pe l’Umbria, cercando di tenere o di riprendere i punti nevralgici. Di punire e danneggiare gli oppositori. In quelle circostanze, Amelia restò quasi distrutta: sul luogo della cattedrale fu costruita una munitissima rocca. In civitate Amelie maiorem ecclesiae funditus diruit, ubi et castrum suum construi fecit. (Nicolò da Calvi)
Anche una lettera di Alessandro IV del 13 giugno 1256 ricordava: “civitas Ameniensi per sevitiam quondam Federici imperatoris devastata et ruina, et civi bus, ob devozionis quam ad Romanum gerebant Ecclesiam, fulgentibus persequentisac per diversa loce dispersis” Giuseppe Pardi – che erroneamente attribuisce il fatto a Federico II. Anche le cronache todine riportano sotto la data esatta: “ et l’imperatore destruxe Amelia: e tutte le gente fugero da Amelia.