Uomo di grande cultura e di vasti interessi, Federico è sensibile al problema dell’istruzione. Avverte la mancanza in Italia meridionale di una struttura universitaria in grado di competere con quelle del nord Italia e del resto d’Europa.
Uno spirito moderno sta alla base della decisione di fondare un’università: i migliori cervelli del regno devono formarsi al suo interno e, soprattutto, fuori dall’ala protettiva della Chiesa che, all’epoca, deteneva il monopolio sull’istruzione. Un’istruzione laica, come profondamente laico è Federico.
Il luogo scelto è Napoli, “dove i costumi sono per tutti benevoli e dove esiste facilità di trasporti, per terra e per mare, di tutto il necessario alla vita degli uomini”. La vicinanza con la celebre Scuola Medica di Salerno è un ulteriore vantaggio.
Nell’atto di fondazione (riportato nella Chronica di Riccardo di San Germano), stilato a Siracusa in data 5 giugno 1224 e indirizzato a tutte le autorità civili e religiose del Regno di Sicilia, Federico promette agli studenti condizioni vantaggiose: presenza di tutte le discipline e di famosi magistri (il latinista Anello da Gaeta, il filosofo Arnaldo Catalano, i giuristi Benedetto d’Isernia e Roffredo di Benevento), convenzioni con gli alberghi per “una pensione di due once d’oro senz’altri carichi”, prestito dei libri di testo. Il freddo Federico si abbandona anche a considerazioni paterne: la presenza di un’università nel regno libera i giovani dalle insidie di lunghi viaggi all’estero e li mantiene “sotto gli occhi dei loro genitori”, aspetto non secondario vista la “vivacità” degli ambienti studenteschi di quel tempo.
Per tutti questi motivi, l’imperatore intima “sotto pena delle persone e delle cose, che nessuno osi uscire dal Regno per motivi di studio né che entro i confini del Regno osi apprendere o insegnare altrove”.
Quello di Napoli rappresenta il primo tentativo di contrapporre all’istruzione gestita dagli ordini monastici un’istruzione laica. Laica, ma non atea: San Tomaso d’Aquino, Padre della Chiesa, studia proprio nell’ateneo napoletano.